Предлагаю написать альтернативный интерфейс для шифровальной проги TrueCrypt.
Программа лучшая, но ГУЙ на уровне Windows 98.
Она поддерживает командную строку, всё из неё умеет. Исходники открыты, соответственно можно использовать. Остаётся только слепить для этого красивую оболочку
Как пример - эта прога
lacie .com/products/product.htm?id=10532 (тоже основана на ТруКрипте)
Позволяет выбрать размер контейнера и т.п. и интерфейс без лишних настроек и опций, ненужных обычному пользователю - запустил, ввёл пароль и всё.